Μόλις δύο 24ωρα μετά την ορκωμοσία του ως υφυπουργός Ανάπτυξης, αρμόδιος για θέματα Έρευνας και Καινοτομίας, ο Αρίστος Δοξιάδης ανακοίνωσε την παραίτησή του με νέα ανάρτηση στο Facebook το πρωί της Δευτέρας, 17 Μαρτίου 2025. Η αποχώρησή του από τη θέση του, αν και είχε προκαλέσει αίσθηση, εξηγήθηκε από τον ίδιο ως αποτέλεσμα μιας οριστικής απόφασης, ξεκαθαρίζοντας ότι ο πρωθυπουργός Κυριάκος Μητσοτάκης δεν είχε άλλη επιλογή από το να την αποδεχτεί.
Στην ανάρτησή του, ο Αρίστος Δοξιάδης ανέφερε ότι η απόφασή του ήταν αμετάκλητη και ότι ο πρωθυπουργός δεν είχε κανένα περιθώριο να τον κρατήσει στη θέση του. Παράλληλα, επανέλαβε ότι η πολιτική τοξικότητα και οι επιθέσεις της αντιπολίτευσης τον οδήγησαν στην απόφαση να παραιτηθεί, προκειμένου να διαφυλάξει τόσο την προσωπική του ηρεμία όσο και την αξιοπιστία της κυβέρνησης και του χαρτοφυλακίου του. Σχολίασε πως δεν θέλει να “σπαταλήσει τη ζωή του σε τέτοιες διαμάχες”, καθώς το κυνήγι μαγισσών που είχε δεχθεί από την αντιπολίτευση ήταν κάτι που δεν μπορούσε να συνεχίσει να ανεχτεί.
Ο Δοξιάδης ευχαρίστησε τον πρωθυπουργό για την τιμή της πρότασης, τονίζοντας την αξία του χαρτοφυλακίου που είχε αναλάβει και το πόσο σημαντική ήταν η Έρευνα και η Καινοτομία για το μέλλον της χώρας. Ωστόσο, σημείωσε πως η πολιτική τοξικότητα εμποδίζει ενεργούς πολίτες από το να συμβάλουν ουσιαστικά στις συλλογικές προσπάθειες για την πρόοδο.
Για την υπόθεση της εταιρείας ΑΠΟΛΛΩΝ, η οποία αποτέλεσε και την κύρια αφορμή για την κριτική σε βάρος του, ο Αρίστος Δοξιάδης επεσήμανε ότι είχε αθωωθεί από δικαστήριο το 2013 και ότι δεν είχε καμία περαιτέρω εμπλοκή με την υπόθεση, παρά τις συνεχείς επιθέσεις από την αντιπολίτευση. Δήλωσε πως από τη στιγμή που το δικαστήριο είχε κλείσει την υπόθεση, δεν είχε δεχτεί καμία όχληση από καμία αρχή, παρά τις αλλαγές κυβερνήσεων.
Η απόφαση της παραίτησης ήρθε αργά και μετά από σοβαρές πολιτικές πιέσεις, με τον ίδιο να τονίζει πως η αντιπολίτευση έφερε τα πάντα σε μια άγονη σύγκρουση, η οποία τελικά τον ώθησε να αποχωρήσει από το υπουργικό πόστο.